舞台は現代のアキハバラ。 主人公・苗木野ネネ（１７）は、ちょっとおっちょこちょいだけど、 どこにでもいそうな普通の女の子。 しかしその実態は、アキハバラを守る輝きの戦士――― マジカルメイド！！シャイニング☆ネネ ネネの敵は、アキハバラを狙う 悪の組織「orz（オルズ）」 アキハバラは「orz」総帥Dr.Jの放つ“NEGATIVE”の襲撃にあい、 壊滅の危機にあった。 それに一人で立ち向かうネネ。 そんな中、ネネは一人の女の子―――カナに出会う。 襲撃の際母親とはぐれ、おびえている女の子だった。 本来なら母親と笑顔でアキハバラにいるはずの女の子に、 そんな表情をさせる「orz」をネネはますます許せない。 武器であり相棒でありフレンズである（っていうかペット？） 不思議なダスター・ゴーちゃんを手に、 例え何匹向かってこようと、 例えどんなに巨大でも、 ネネは諦めることなく「orz」立ち向かう。 果たして彼女は、アキハバラの、そして、 みんなの笑顔を守ることが出来るのか―――！？